La Encuesta Nacional de Salud 2000 (ENSA 2000) retoma los temas más relevantes de las encuestas nacionales realizadas hasta 1998 (y que requerían de actualización) e incorpora nuevas áreas de interés, tales como la prevalencia, distribución y características de la discapacidad en la población mexicana y la evaluación de algunos programas de salud pública a nivel poblacional. Un avance extraordinariamente significativo respecto a las encuestas previas es el hecho de que, por primera vez, se ha conformado un banco de muestras biológicas con las cuales fue posible estudiar algunas de las características genéticas de la población mexicana.

La Encuesta Nacional de Salud 2000 (tercera edición de la ENSA), se llevó a cabo con el interés de actualizar la información existente sobre la prevalencia de enfermedades agudas y crónicas, (con lo que se da continuidad a la ENEC), así como sobre la utilización y la calidad de los servicios de salud. Además, es de gran importancia evaluar el cumplimiento de las metas de los programas prioritarios y las estrategias diseñadas para su instrumentación y puesta en marcha durante los últimos cinco años, con el fin de evaluar sus logros e identificar áreas que requieran reforzamiento.